Drejtoria Ekonomike (DE) është njësi administrative ekonomiko-financiare pranë Rektoratit të UE-së në varësi të Administratorit të Universitetit. Drejtoria ekonomike ndjek hartimin dhe zbatimin e procedurave ekonomiko-financiare të Universitetit. Drejtoria ekonomike evidenton mbajtjen e dokumentacionit përkatës manual dhe elektronik, në lidhje të ngushtë me organizmat financiare shtetërore, në zbatim të akteve ligjore e nënligjore financiare. Drejtori ekonomik është Nëpunësi Zbatues (NZ), në rolin e sekretarit të Grupit të Menaxhimit Strategjik (GMS) të Universitetit. Drejtoria ekonomike kryen këto funksione administrative ekonomiko-financiare: